BALITTRO secara struktural merupakan unit pelaksana teknis di bidang penelitian dan pengembangan yang berada di bawah Pusat Penelitian dan Pengembangan Perkebunan, Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian Departemen Pertanian Republik Indonesia. Dalam melaksanakan tugasnya instansi ini dipimpin oleh seorang Kepala Balai dan dibantu oleh Kepala Sub Bagian Tata Usaha, Kepala Seksi Pelayanan Teknis, dan Kepala Seksi Jasa Penelitian. Di samping Ketiga penjabat eselon IVa tersebut, dalam melaksanakan tugas sehari-hari Kepala Balai dibantu oleh seorang Koordinator Program yang mengkoordinir dua kelompok program komoditas ( Tanaman Obat dan Aromatik) , Ketua Kelompok Peneliti ( Kelti) yaitu : 1) Kelti Pemuliaan, Plasma Nutfah, dan Perbenihan, 2) Kelti Entomologi dan Fitopatologi, dan 3) Kelti Ekofisiologi. Dalam menjalankan tugas dan fungsinya telah dibentuk 2 unit organisasi fungsional yang langsung di bawah koordinasi Kepala Balai yaitu Koordinator Alih Teknologi ( KAT) dan Unit Pengelola Benih Sumber ( UPBS) .
